Осенью 1939 года Пастернак бегло упоминает продолжение прозы, говоря о своих рабочих планах в записке к Лидии Корнеевне Чуковской.
В первую же военную зиму рукописи Пастернака сгорели при пожаре. Он о них не жалел.
Разразившаяся вслед за годами террора война в защиту от фашистского нападения на стороне сил и стран, которые вызывали искреннее сочувствие Пастернака, объединила всех участием в общих лишениях, горестью потерь, радостью спасшихся и обретенных. Пастернак писал, что «трагический, тяжелый период войны был живым периодом и, в этом отношении, вольным, радостным возвращением чувства общности со всеми». Это позволило ему по-новому представить себе замысел лирической эпопеи — романа о самом главном, об атмосфере европейской истории, в которой, как в родном доме, формировалось его поколение.
И «когда после великодушия судьбы, сказавшегося в факте победы, пусть и такой ценой купленной победы, когда после такой щедрости исторической стихии повернули к жестокости и мудрствованиям самых тупых и темных довоенных годов», Пастернак не отказался от своих свободных планов, а, по его словам, «испытал во второй (после 1936 года) раз чувство потрясенного отталкивания от установившихся порядков, еще более сильное и категорическое, чем в первый раз».
Занятая позиция представлялась ему радостным возвращением к свободе и независимости, к чему-то всеми временно забытому, к реальности мирного времени, к производительной жизни, к Божьему замыслу о человеке.
Закончив несколько крупных переводных работ, он с конца 1945 года пишет прозу. Сменив несколько названий: «Мальчики и девочки», «Свеча горела», — роман к осени 1946 года был назван «Доктор Живаго».
Окружающие события не способствовали рабочим планам Пастернака. Идеологический погром, начавшийся с августа 1946 года, сопровождался новыми волнами репрессий. Пастернак жил в сознании, что его могут в любую минуту арестовать. Он не таился. «Разумеется, я всегда ко всему готов. Почему со всеми могло быть, а со мной не будет», — повторял он в разговорах и письмах.
Он зарабатывал переводами. Много и постоянно помогал близким, знакомым и нуждающимся. Последний сборник его стихов был издан в 1945 году. Следующий, напечатанный в 1948-м, был остановлен, тираж пущен в макулатуру. Ежегодно приходилось делать крупные переводы: трагедии Шекспира, «Фауст» Гете, все стихи Бараташвили, Петефи, многое и многое другое. Переиздания сопровождались требованиями улучшений и переработок. Пастернак писал с горечью:
...«Явление обязательной редактуры при труде любой степени зрелости — одно из зол нашего времени. Это черта нашего общественного застоя, лишенного свободной и разномыслящей критики, быстро и ярко развивающихся судеб и, за невозможностью истинных новинок, занятого чисткой, перекраиванием и перелицовыванием вещей, случайно сделанных в более счастливое время».
Полосы утомления, горя и мрака были нередки, но он преодолевал их, гордясь плодотворностью своего каторжного труда, и говорил: «Но писать-то я буду в двадцать пятые часы суток свой роман». В том, что он пишет, никогда не было тайны.
Чтения первых глав в знакомых домах начались с осени 1946 года. Летом 1948-го четыре части, первоначально составлявшие первую книгу, были перепечатаны на машинке, и десять авторских копий обошли широкий круг, пересылались по почте в разные адреса, постепенно зачитывались до неразличимости. Автор получал спектр откликов — от похвал до порицания, от развернутых отзывов до беглых извещений. Такова была минимальная по плотности атмосфера, в которой он мог продолжать свою работу, слыша и учитывая отзвук.
Осенью 1952 года Пастернака с тяжелым инфарктом миокарда отвезли в Боткинскую больницу. Опасность и близость конца он воспринял как весть об освобождении. Через три месяца он поразительно сказал об этом в письме к Нине Александровне Табидзе: «В минуту, которая казалась последнею в жизни, больше, чем когда-либо до нее, хотелось говорить с Богом, славословить видимое, ловить и запечатлевать его. „Господи, — шептал я, — благодарю тебя за то, что ты кладешь краски так густо и сделал жизнь и смерть такими, что твой язык — величественность и музыка, что ты сделал меня художником, что творчество — твоя школа, что всю жизнь ты готовил меня к этой ночи“. И я ликовал и плакал от счастья». Спустя четыре года он выразил это состояние в стихотворении «В больнице».
В четвертом номере «Знамени» за 1954 год появилось 10 стихотворений Юрия Живаго со вступительной заметкой:
...«Б. Пастернак. Стихи из романа в прозе „Доктор Живаго“.
Роман предположительно будет дописан летом. Он охватывает время от 1903 до 1929 года, с эпилогом, относящимся к Великой Отечественной войне.
Герой — Юрий Андреевич Живаго, врач, мыслящий, с поисками, творческой и художественной складки, умирает в 1929 году.
После него остаются записки и среди других бумаг написанные в молодые годы отделанные стихи, часть которых здесь предлагается и которые во всей совокупности составляют последнюю, заключительную главу романа. Автор».
Знаменательно, что Пастернак относит смерть главного героя к 1929 году, времени слома образа жизни страны, кануну самоубийства Маяковского, году, который в «Охранной грамоте» назван последним годом поэта.
Роман о докторе Живаго и стихи, написанные от его имени, стали выражением радости, превозмогающей страх смерти. «По наполнению, по ясности, по поглощенности любимой работой жизнь последних лет почти сплошной праздник души для меня. Я более чем доволен ею, я ею счастлив, и роман есть выход и выражение этого счастья», — писал Пастернак в 1955 году. Послевоенная одинокая и независимая жизнь была каждодневным преодолением смертной тяжести, светлым ощущением бессмертия, верностью ему.